关于闭合性手术的理论
现代开放性手术风靡世界，但是人们希望寻找一种不切开皮肤的，不破坏人体组织结构的闭合性的手术方法的出现，针刀医学创造了微观解剖学，立体解剖学、动态解剖学，体表定位学，闭合性进针刀四步规程，闭合性手术11种入路方法，闭合性手术8种操作方法、闭合性手术器械——针刀，这八个方面的创立，使闭合性手术真正的实现了。
关于慢性软组织损伤病因病理学的理论
慢性软组织损伤的病因国际医学界一致认为：是一种无菌性炎症，国内外临床医学家发明了无数种以治疗无菌性炎症状为目的的治疗方法，都收效甚微，因此使慢性软组织损伤疾病成为世界性的老大难问题，世界卫生组织曾把它列为三大类疑难病之一。朱汉章认为，无菌性炎症并不是慢性软组织损伤疾病的根本病因，提出了动态平衡失调是慢性软组织损伤的根本的第一位的病因。治疗只要让人体恢复动态平衡，慢性软组织上损伤疾病就能得到根本性的治疗。造成人体动态平衡失调有三大病理因素，即：粘连、疤痕、孪缩。而无菌性炎症只是慢性软组织损伤疾病在急性期的一种病理现象而已。
关于骨质增生病因学的理论
骨质增生疾病，发病率很高，但至今为止仍然是难以治愈的老大难疾病。目前，国内外比较公认的认为是退行性变，所谓退行性变即是老化，而针刀医学已经搞清楚，老化不是骨质增生的主要原因，它的真正病因是人体内力学平衡失调。
关于经络实质的理论
经络是中医针灸学的基础理论。
针刀医学认为，人体有三个传导系统，即神经传导系统，生物电传导系统、体液传导系统。针刀医学的研究表明，人体生物电的传导系统的主要干线有18条之多，有14条和经络完全吻合，并且表明这些干线的传导线路不是一条像目前经络图上所标明的一条极细的线，而是大约有1厘米宽的一个立体的线路,穴位只是这些信息传导干线的转输站。
完整的体系
针刀医学不仅有独特的理论，而且有自成系统的诊疗体系，这个体系有六个组成部分，即针刀医学的病理生理学；针刀医学的影像学；针刀医学的手法学；针刀医学的诊断学；针刀医学的治疗学；针刀医学的护理学。所以叫针刀医学X X学，是因为它们都不同于目前中西医的相应学科，都有其独特而新颖的内容，这些独特而新颖的内容都是在现代中西医学的基础上，应用现代自然科学成果，加以再创造而产生，这六大组成部分和以上的四大基本理论构成了针刀医学的完整理论体系。
l 针刀医学病理生理学
针刀医学的病理生理学所阐明的在人体患了疾病或受到伤害时以及在治疗过程中人体的生命特性的重要性是不可忽略的。生物电系统在人体内重要的生理病理作用，就使我们轻而易举的能够找到一些目前世界所公认的难治和不治之症的真正病因，也使我们治疗学能够拿出真正有效的治疗措施。
l 针刀医学影像学
针刀医学的影像学是根据微观解剖和立体解剖的理论，发现了许多过去X线片、CT片、磁共振片等影像学资料中，一些微细的变化大都被目前影像学所忽略，而这些微细变化往往是一些疑难不治之症的真正的所在部位。
l 针刀医学手法学
针刀医学的手法学是不同于目前的推拿、按摩的一种独特的手法治疗学。有三大法宝，一是针刀、二是手法、三是巧妙的用药，当然是针刀为主，手法和用药为辅。
l 针刀医学诊断学
针刀医学的诊断学是根据针刀医学的四大基本理论以及现代医学科学的基本知识加上针刀医学的病理生理学和针刀医学的影像学的有关研究成果而制定的。它不同于目前的中西医诊断学。
l 针刀医学治疗学
针刀医学根据其四大基本理论和独特的诊断学理论，对各种疾病找出了寻根究底性的病理病因，创造出一整套独立的治疗体系，这个体系包括三个部分，一是针刀治疗、二是手法治疗、三是药物治疗。
l 针刀医学护理学
针刀医学因为有自己一套独特的治疗体系，形成了针刀医学一套独特的护理学体系。
知识的积累
朱汉章教授强调：“针刀医学的整个理论体系和学术指导思想可以用两个字来概括，就是‘平衡’。我们知道人的各种生理功能都是在相对平衡的状态下才能维持正常的生命活动，如果这种平衡遭到破坏，就会导致疾病，甚至死亡。针刀医学从它的四大基本理论，六大组成部分和对各种疾病的处理方法，贯穿了恢复人体各种平衡的思想，如恢复动态平衡、恢复人体内的力平衡、恢复关节结构的平衡、恢复体液代谢的平衡、恢复能量消长的平衡、恢复吸收和排泄的平衡等等，从对疾病的认识和对疾病的治疗，无不是以‘平衡’两个字为核心。”
针刀医学在论述医学发展史的时候，说明每一种医学体系的产生都是当时思想文化体系的产物。针刀医学从某种意义上说就是对外开放性手术的一次否定性发展。这些理论性的创造和阐述，符合辩证唯物主义哲学三大定律之一，即否定之否定定律，针刀医学的基础理论和临床治疗的指导思想还到处都充满着量变到质变、对立统一怕哲学理念。还广泛应用了东方和西方古典哲学的思想，也应用了现代哲学关于系统论、信息论、耗散论、模糊论等新的哲学理念。
常言说：知识能量的积累会产生爆炸，针刀医学就是知识能量爆炸所折射出的“礼花”。
智慧的闪光
当人们问起朱汉章教授你为什么能创造出这样独特而庞大的新的医学理论体系时，他的回答是：“任何一种新的医学体系的产生都是当时社会文化背景的产物，针刀医学也不例外，它是将中医的基本理论和西医的基本理论融为一体，吸收当代自然科学的最新成果，再加以创造而形成的一门新的医学理论体系。这不是偶然的，是时代发展需要的结果，如果不是由朱汉章创造成出来，也有别的中国人可以创造成出来。”西方医学在近二百年来内科和外科都有取得了辉煌的成就，甚至说已经发展到了顶峰，但是西医内外科所暴露出来的无法解决的后遗症和并发症，以及化学药品的临床应用越来越大的抗药性，让西方医学界伤透脑筋，以至西方医学发展的战略家们，提出了人类的医学发展向何处去的问题。而以中医学为主的东方医学具有悠久的历史，深刻的内涵，不过没有现代自然科学为背景，、又受到东方哲学即人文哲学抽象思维模式的制约，使其整个内容显得抽象化，而被西方人误以为是民间的一种经验医学。中西医是两种不同的思维模式所形成的两种不同的医学，西医的困惑和中医急需要和现代科学接轨，这是世界医学目前的现实，而解决的方法惟一的就是将中西医结合，创造出的新的医学体系。
针刀医学关于软组织损伤的病因病理的研究成果和经络实质的理论，以及在各种疑难病治疗学方面、诊断学方面的全面性和创造性的工作，都使人感到智慧的闪光点。
