（一）在医疗服务体系方面，重点突出以下几个着力点：第一，促进三级公立医院功能定位的回归，严格按照区域卫生规划进行布局，三级公立医院要发挥在医联体建设试点工作中的引领作用，同时专注疑难重症的治疗。第二，县级及基层医疗机构重点要提升服务能力，加强对全科医生的培养，继续实施农村订单定向医学生免费培养工作，为中西部地区招收培养5000名左右本科免费医学生，同时优化基层人才结构，提升中高级职称晋升比例，使基层医务人员有更好的发展空间；第三，公立医院转变机制进入倒计时，到2017年9月底，全面推开公立医院综合改革，全部取消药品加成，医疗服务价格调整政策全面跟进，实现新旧机制的系统转换，这是一个重大里程碑事件，实行几十年的药品加成政策将全面退出；第四，推动公立医院内涵式发展。
将公立医院医疗费用平均增长幅度控制在10%之内，同时推动落实“两个允许”（允许医疗卫生机构突破现行事业单位工资调控水平，允许医疗服务收入扣除成本并按规定提取各项基金后主要用于人员奖励），体现了对公立医院精细化发展提出更新更高要求；第五，在工作方式上，突出试点和示范开路，在城市和县级公立医院综合改革以及在医联体建设方面都提出要打造示范城市和示范市（县）。
（二）在医保体系方面，体现了完善和巩固全民医保制度的整体思路。
第一，对城乡居民医保财政补助进一步提高到每人每年450元，同步提高个人缴费标准，扩大用药保障范围，对城乡基本医保制度实行“六统一”；
第二，推进建立以按病种付费为主多元复合型支付方式，进一步发挥医保支付方式在规范医疗行为等方面的重要作用；
第三，开展医保药品支付标准试点，探索制订医疗服务医保支付标准，这是继取消绝大部分药品价格定价，探索放开公立医院部分医疗服务自主定价之后，又一个重要的措施，体现了医保在资源配置方面的重要杠杆作用越来越受到重视；
第四，进一步加强医疗保险制度之间的衔接，重点要做好医疗救助和城乡居民大病保险之间的有效衔接，此外，还提出总结评估商业保险个人所得税试点工作经验，支持商业保险机构等社会力量参与医保经办，系统促进商业保险和社会保险的协同发展。
（三）在药品供应保障领域，体现了“上下游综合治理”的思路。
第一，在药品生产环节，重点是解决仿制药质量和疗效的一致性评价，以此整顿和提升药品生产质量，促进良性竞争，同时实行药品上市许可持有人制度试点，鼓励创新投入和研发。 进一步扩大短缺药品定点生产范围，建设小品种药品集中生产基地，以此弥补市场失灵对于孤儿药等短缺药品带来的影响。
第二，在药品流通领域，综合医改试点省份和前四批200个公立医院综合改革试点城市所有公立医疗机构全面推行“两票制”，鼓励其他地区实行“两票制”，由此，将有力推动流通领域兼并重组和产业升级。同时，提出要利用好国家药品供应保障综合管理信息平台，坚持集中带量采购原则，通过公开透明竞争进一步挤压药价虚高水分，为医疗机构运行机制转换提供必要外部条件。研究编制高值医用耗材采购统一编码并开展集中采购试点。
第三，开展国家药品价格谈判，增加谈判药品数量，加强与医保等政策衔接，使价格谈判成为专利药、独家药品价格形成的重要形式。
